საარქივო ფონდში თავმოყრილია ქართველი და უცხოელი მეცნიერების, მწერლების, პოეტების და საზოგადო მოღვაწეების, მხატვრების, პოლიტიკური, სახელმწიფო და სამხედრო მოღვაწეების, ემიგრაციის მოღვაწეების, სასულიერო პირების, აგრეთვე საქართველოს საისტორიო და საეთნოგრაფიო საზოგადოების და სინოდის კანცელარიის არქივები (სულ 188 საარქივო ფონდი). აქედან, დღეისათვის უკვე დამუშავებულია 119 ფონდი. დანარჩენი 69 საარქივო ფონდი დამუშავების პროცესშია.
არქივში დაცული მასალიდან განსაკუთრებული აღნიშვნის ღირსია ქართველი პაპიროლოგის გრიგოლ წერეთლის კუთვნილი კოლექცია, სადაც წარმოდგენილია ძვ.წ. II – XV საუკუნეებით დათარიღებული 170-მდე პაპირუსი.
არანაკლებ საინტერესო მასალაა დაცული დანარჩენ საარქივო ფონდებში: XIX-XX საუკუნეების ქართველი და უცხოელი საზოგადო მოღვაწეების ცხოვრება-შემოქმედებასთან დაკავშირებული ქართული, ლათინური, ფრანგული, ინგლისური, იტალიური, რუსული, აზერბაიჯანული, სომხური და სხვა უცხოენოვანი ორიგინალური საბუთები; უმდიდრესი ეპისტოლარული მემკვიდრეობა; მრავალრიცხოვანი ფოლკლორული ჩანაწერები; უნიკალური ფოტონამუშევრები; სამხრეთ კავკასიის ახალი და უახლესი ისტორიის ამსახველი უძვირფასესი მასალა პოლიტიკის, ეკონომიკის, საეკლესიო ცხოვრების, ჟურნალისტიკის, თეატრის, მუსიკისა და სხვა სფეროებიდან.