1958-1966 წწ. ინსტიტუტს ხელმძღვანელობდა მისი დამაარსებელი ილია აბულაძე; 1966-1988 წლებში ინსტიტუტის დირექტორი იყო აკად. ელენე მეტრეველი; 1988-2006 წწ. - აკად. ზაზა ალექსიძე; 2006-2015 წწ. ინსტიტუტის ბაზაზე შექმნილ ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრს ხელმძღვანელობდა ბუბა კუდავა; 2015 წლიდან ცენტრის დირექტორია ზაზა აბაშიძე.

   2006 წლიდან ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრი გამოვიდა საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შემადგენლობიდან. დღეს, როგორც საჯარო სამართლის იურიდიული პირი (სსიპ), ექვემდებარება საქართველოს კულტურის სამინისტროს.

   ცენტრის ორი უმთავრესი მიმართულებაა — ხელნაწერების დაცვა-აღრიცხვა-ექსპოზიცია და მათი მეცნიერული კვლევა. არანაკლებ მნიშვნელოვანი სფეროა ცენტრში დაცული უნიკალური მასალის გამოყენება საგანმანათლებლო-შემეცნებითი მიზნით, საზოგადოების ფართო ფენების დაინტერესება ქართული ხელნაწერი კოლექციით.

    ხელნაწერთა დაცვის საქმეს ემსახურება ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრის ფონდების დაცვის, აღრიცხვისა და ექსპონირების დეპარტამენტი, რომელშიც შედის რესტავრაციისა და კონსერვაციის სამეცნიერო ლაბორატორია (განყოფილება).

    დღეისთვის ცენტრის სამეცნიერო სექტორი აერთიანებს ექვს სამეცნიერო განყოფილებას: 1. კოდიკოლოგია-ტექსტოლოგიის; 2. აღმოსავლური და სომხური ხელნაწერების; 3. წყაროთმცოდნეობისა და დიპლომატიკის; 4. სამეცნიერო-ბიბლიოგრაფიის, ტერმინოლოგიისა და საცნობარო ლიტერატურის; 5. არქივთმცოდნეობის; 6. ხელოვნებათმცოდნეობის.

ცენტრის სამეცნიერო მუშაობას კოორდინაციას უწევს სამეცნიერო საბჭო.

• .