სამეცნიერო საბჭოს ხელმძღვანელობს სამეცნიერო საბჭოს თავმჯდომარე, რომელიც აირჩევა სამეცნიერო საბჭოს წევრებიდან სიითი შემადგენლობის უმრავლესობით, ფარული კენჭისყრით, 5 წლის ვადით.
სამეცნიერო საბჭოს თავმჯდომარეს ფუნქციები:
- იწვევს და წარმართავს სამეცნიერო საბჭოს სხდომებს
- ორგანიზაციას უწევს სამეცნიერო საბჭოს მუშაობას
- ხმის უფლებით მონაწილეობს სამეცნიერო საბჭოს დადგენილების მიღებაში
- მეთვალყურეობას უწევს სამეცნიერო საბჭოს დადგენილებების შესრულებას;
- თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ აქტს- განკარგულებას.