ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრის ფონდებში თავმოყრილია XIX–XX საუკუნეებში ქართველი საზოგადო მოღვაწეების ინიციატივით დაფუძნებული საზოგადოებების მიერ შეგროვებული და შემონახული ხელნაწერი მემკვიდრეობა.
ცენტრის კოლექციებში დაცულია დაახლოებით 10 000 ქართული და 5 000 უცხოენოვანი ხელნაწერი, V–XIX საუკუნეებით დათარიღებული დაახლოებით 40 000 ქართული და უცხოენოვანი ისტორიული საბუთი, 5 000-მდე პალიმფსესტური ფურცელი, მწერალთა და საზოგადო მოღვაწეთა 200-ზე მეტი საარქივო ფონდი, ასევე უნიკალური პაპირუსების კოლექცია.