ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრში დაცულია ქართული და უცხოური ისტორიული საბუთების უდიდესი კოლექცია – დაახლოებით 40 ათასი ერთეული.
ქართული საბუთები წარმოდგენილია ოთხი ფონდით:
Ad - საეკლესიო მუზეუმის კოლექცია
Hd - საქართველოს საისტორიო და საეთნოგრაფიო საზოგადოების მუზეუმის კოლექცია
Sd - ქართველთა შორის წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოების კოლექცია
Qd - ახალი კოლექცია
უცხოენოვანი ისტორიული საბუთების კოლექციები:
Pd - სპარსული ისტორიული დოკუმენტების კოლექციაში გაერთიანდა კავკასიის ადმინისტრაციულ დაწესებულებათა საარქივო ფონდებისა და კერძო პირთაგან შესყიდული მასალა.
Turd - ოსმალური დოკუმენტების კოლექციაში შესულია წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოებისა და კავკასიის ინსტიტუტის კოლექციებიდან. დოკუმენტების ნაწილი შეძენილია კერძო პირებისგან მესხეთ-ჯავახეთში.
Ard - არაბული ისტორიული დოკუმენტების ნაწილი გაცემულია ერეკლე მეორის მიერ დაღესტნელი მმართველებისა და მოხელეებისადმი.