ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრში განხორციელებული სტრუქტურული ცვლილებების შედეგად შეიქმნა შვიდი დეპარტამენტი:

• კოდიკოლოგიის დეპარტამენტი 
• წყაროთმცოდნეობისა და დიპლომატიკის დეპარტამენტი
  
• ხელოვნების ისტორიის დეპარტამენტი
  
• არქივთმცოდნეობის დეპარტამენტი
• ფონდების მართვის დეპარტამენტი
• პროგრამების სამსახური 
• გამოფენისა და განათლების დეპარტამენტი 
• ბიბლიოთეკის დეპარტამენტი

ასევე ორი ლაბორატორია:

• რესტავრაცია-კონსერვაციის ლაბორატორია

• დიგიტალიზაციის ლაბორატორია