ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრში თავმოყრილია:
V-XIX საუკუნეების 10.000-მდე ქართული (მათ შორის 4.000-მდე უმნიშვნელოვანესი პალიმფსესტური ფურცელიც) და 4.000-მდე უცხოური (არაბული, სპარსული, თუქული, რუსული, სომხური, ბერძნული, ფრანგული, გერმანული, ლათინური, ებრაული, პოლონური, ინგლისური, ჩეხური,სირიული, ეთიოპიური, მონღოლური და სხვ.) ხელნაწერი;
X-XIX საუკუნეების 40.000-მდე ქართული და 5.000-მდე უცხოენოვანიისტორიული დოკუმენტი, რომელთაგან განსაკუთრებული აღნიშვნის ღირსიასპარსული და თურქული დოკუმენტები, მათ შორის კი შაჰის ფირმანები, ოქმები…
ქართველ მწერალთა და საზოგადო მოღვაწეთა პირადი არქივები, მათ შორის ილია ჭავჭავაძის, ვაჟა ფშაველას, ნიკოლოზ ბარათაშვილის, ექვთიმე თაყაიშვილის და სხვათა არქივები. აქვეა დაცული გრიგოლ წერეთლის სრულიად უნიკალური პაპირუსთა კოლექციაც.
საქართველოსა და საზღვარგარეთის სიძველეთსაცავებსა და კერძო კოლექციებში დაცულ ქართულ და უცხოენოვან ხელნაწერთა და ისტორიულ დოკუმენტთა ფოტოასლები და მიკროფირები. მათგან განსაკუთრებით აღსანიშნავია ათონის ივირონის მონასტრის, სინას მთის წმ. ეკატერინეს მონასტრისა და იერუსალიმის ბერძნული საპატრიარქოს ქართულ ხელნაწერთა ფოტოპირები.
ცენტრს მდიდარი სამეცნიერო ბიბლიოთეკა გააჩნია, სადაც რარიტეტული და უახლესი ქართული და უცხოური გამოცემების გვერდით ინახება ძველნაბეჭდი წიგნების ძვირფასი კოლექცია, მათ შორის პირველი ქართული ნაბეჭდი წიგნი ქართულ-იტალიური ლექსიკონი (1629) და ვახტანგ VI-ის სტამბაში დაბეჭდილი სახარება (1709), დავითნი (1711), შოთა რუსთაველის “ვეფხისტყაოსნის” პირველი გამოცემა (1712) და სხვ. ბიბლიოთეკის ძირითად ფონდებში დაცულია ჰუმანიტარული მიმართულების 60.000-მდე ქართული თუ უცხოენოვანი წიგნი.